ある日、神社で催された夜左衛門（市川海老蔵）一座の公演後、三上の百助（山田純大）は、乙訓郡の名主・庄右衛門（竜雷太）と再会を果たす。百助が女房と息子を亡くし、生きる希望もなく行き倒れていたところを助けられたのだ。束の間の再会を喜ぶ百助だったが、痩せ細った庄右衛門の姿が気にかかり...。
その頃、豊臣秀吉（國村隼）は、年貢の取り立てが僅かに増したことで一揆の兆候があると聞き、検地奉行・伊東次盛（木村祐一）に首謀者を早急に捕え厳しい処罰を命じる。謁見後、石田三成（丸山智己）は、次盛に五右衛門の情報を吹き込む。その後、庄右衛門が謀反人として捕らえられ...。
翌日、夜左衛門一座が客寄せをしていた際に引き回しの行列が通過。一揆の首謀者として庄右衛門が引かれて来る。夜左衛門は行列にいた奥山公継（益岡徹）から庄右衛門が斬首刑に処せられることを聞き、一座で助け出すことに。そして、刑場の河原に庄右衛門が引き出されると、突如、五右衛門が姿を現し辺りは騒然に。前田玄以（榎木孝明）らが五右衛門を捕えようと躍起になる中、これに乗じて庄右衛門の甥・茂吉（市川九圑次）が庄右衛門を救出。帳面は以前と変わらないものの、今はほぼ年貢で持っていかれ生活は困窮、庄右衛門は次盛が一向に耳を傾けないため秀吉に直訴しようとしていたという。そこで夜左衛門は、早速次盛の周辺を調べ始める。だが、次盛も三成の入れ知恵により五右衛門と茶々（比嘉愛未）が通じているのではと、秀吉に進言。さらに五右衛門が一揆に関わっているとして茂吉を脅し、追いつめられた茂吉は百助を五右衛門だと言って次盛に差し出す。そこへ五右衛門が助けに現れるが...。